El sistema hidrográfico del río Paraná, está formado por dos grandes ríos: el Paraná Superior y el Paraguay. El río Paraná Superior toma la denominación de Alto Paraná en la confluencia de los ríos Paranayba y Grande, que tienen su nacimiento en las sierras Dos Pirineus, Tapicanga y Da Matta el primero y segundo en las sierras de Mantiqueira y Espinazo. Estos ríos recorren la meseta brasileña, encajonados, con pendiente pronunciada, grandes desniveles como consecuencia de la dureza de las rocas que constituyen sus cauces.
El Curso Superior o alto Paraná corre en dirección Sur-oeste por 700km., sirviendo de apoyo al límite entre el Estado de Matto Grosso y los de San Paulo y Paraná, luego hacia el sur recorre 500km., donde es límite entre la Rca. del Paraguay y el Estado de Paraná y la provincia de Misiones en Argentina. Continúa su trayecto de este a oeste, por 350km.siendo apoyo del límite entre la Rca. del Paraguay y la Pcia. de Corrientes.
El Alto Paraná es un río de meseta de orillas con barrancas, que se distancian cada vez mas unas de otras . r. Debido a la presencia de rocas duras que afloran, su lecho es rocoso, sinuoso y desparejo, lo que produce un gran número saltos y rápidos.
El ancho del río Paraná al recibir al río Iguazú es de 300 mts. sus orillas son barrancosas y su corriente rápida. A la altura de Candelaria cambia bruscamente su rumbo sudoeste por oeste, al tiempo que se ensancha, frente a Posadas llegando a 2500 mts. Hacia el oeste sus meandros encerraban islas extensas Ibicuy, Yaciretá, Talabera, Apipé Grande, espacio que ha sido modificado por la construcción de la represa de Yaciretá. Allí las orillas se distancian hasta 30kms. Aguas abajo recibe al río Paraguay, y se une a él frente a Paso de la Patria, donde se considera el inicio del curso medio..
El Paraguay es el tributario más importante del río Paraná, es un río de planicie cuyas cabeceras se encuentran en una zona de sierras a 300mts.s/n/m. Sus nacientes se extienden sobre un valle que se inunda en las épocas de lluvias, lo que permite la formación de las Siete Lagunas, donde se define la divisoria de aguas entre el Sistema del Plata y del Amazonas. Corre con rumbo norte-sur hasta volcar sus aguas en el río Paraná al norte de la ciudad de Corrientes.
El Curso Medio se extiende desde la confluencia mencionada hasta la ciudad de Diamante. Tiene un rumbo casi recto , norte - sur , a lo largo de una falla que separa las llanuras chacopampeanas de la mesopotamia a. Es de aguas turbias, de lecho limoso, y menos rápido e impetuoso que en los tramos anteriores, Tiene el aspecto majestuoso de un gran río de llanuras.
Las barrancas de la margen izquierda, correspondiente a las provincia de Corrientes y norte de Entre Ríos, son altas, mientras que las de la márgen derecha que corresponden al Chaco y norte de Santa Fé son bajas y anegadizas, y se inundan con las crecientes, ensanchando la desembocadura de los riachos que desaguan en él. Las aguas se infiltran a través de los terrenos poco compactos de la orilla santafecina y resurgen formando arroyos de dirección paralelas a la del río. La diferencia de alturas entre ambas márgenes se va invirtiendo paulatinamente al sur de la ciudad de Santa Fé, donde la costa entrerriana desciende y la santafecina se eleva en altas barrancas, como las que existen en San Lorenzo, Rosario, Villa Constitución, San Nicolás y San Pedro, y que continúan hasta su desembocadura en el Plata.
EL Curso Inferior se extiende desde la ciudad de Diamante hasta la confluencia con el río Uruguay. En este tramo la barranca se interna en la Pcia. de E. Ríos constituyendo la "barranca muerta" que enmarca el norte del Delta.
El río ha ensanchado su perfil transversal, siguiendo una dirección este - sudeste, y se abre paso entre las barrancas muertas, llamadas así porque el agua solo llega a ellas en las grandes crecientes y las barrancas activas de la Pampa ondulada, cortadas por una serie de pequeños cursos de aguas que se originan a pocos kms. de su desembocadura. De la orilla entrerriana le llegan los ríos Victoria y Nogoyá, que unen sus aguas en un laberinto de islas formando una ribera baja y anegadiza. Frente a las Lechiguanas, que son las de mayor extensión, desemboca el río Gualeguay. con el material que transporta va dando forma a numerosas islas que se presentan en este tramo, separadas por los brazos del mismo río.
Recorre un total de 4.200kms. Desde que recibe al río Iguazú comienza el tramo Argentino que recorre 1710kms. De ellos, corresponden al tramo entrerriano 844kms., que se inician cuando el río Paraná recibe al río Guayquiraró.
En territorio entrerriano, el río Paraná recibe numerosos afluentes, entre ellos el río Guayquiraró, el río Feliciano, el arroyo de Las Conchas, el Ensenada, el Nogoyá, el Victoria, y formando el Delta los brazos fluviales: Paraná Pavón, Paraná Ibicuy, Paraná Miní, Paraná Bravo, Paraná Guazú, apoyo del límite interprovincial y Paraná de Las Palmas en territorio bonaerense.