El gusto por la música que tenía el guaraní causaba asombro en los misioneros jesuitas, así como la innata capacidad para ejecutar piezas musicales.

Los Padres jesuitas incorporaron a las reducciones instrumentos musicales típicamente europeos y un estilo particular, el barroco.

En las reducciones no faltaban flautas, fagotes, chirimías, violines, liras, arpas, vihuelas o guitarras, clarines, trompetas y hasta algún órgano.

La música que se ejecutaba en los pueblos era básicamente sacra y buscaba cimentar el proyecto evangelizador.

Algunos instrumentos eran comprados, pero la mayoría eran fabricados en las propias reducciones. De ese modo a fines del siglo XVII del Padre Antonio Sepp, logró fabricar en el pueblo de Itapúa un órgano, fundiendo para los tubos los platos y fuentes de peltre que existían en la reducción. Este órgano fue luego de pueblo en pueblo, hallándoselo al momento de la expulsión de los jesuitas en el templo de la reducción de San Javier.