Luchas intestinas en el Ejército hicieron crisis en el mes de setiembre de 1962 con la contienda denominada "Azules y Colorados".
El triunfo fue de los "Azules" que respondían al general Juan Carlos Onganía, a quien se lo designó comandante en jefe del Ejército.
Pese a la política tan conflictiva, ésta no influyó en la situación económica del país. La inflación fue baja; crecieron las exportaciones y la producción industrial continuó en ascenso.
El 2 de abril de 1963, se sublevó la Marina encabezada por el almirante Isaac Rojas. Su objetivo era evitar las elecciones ya convocadas y de este modo erradicar la participación del peronismo,
si bien éste estaba prohibido por decreto.
El enfrentamiento con el Ejército fue violento; pero la sublevación fue sofocada. No obstante los "azules" debieron anunciar
la proscripción del peronismo.

En medio de grandes confusiones y negociaciones se llegó
a las elecciones de julio de 1963.
Los peronistas decidieron votar en blanco, ya que los candidatos Solano Lima- Begnis, pertenecientes al Frente Nacional y Popular fueron proscriptos por el gobierno.
Perón desde Madrid había impartido la orden de que se votara
a dichos candidatos.
De cualquier forma una proporción de los votos justicialistas fue a favor del candidato de la Unión Cívica Radical del Pueblo (UCR), Arturo Illia, quien con el 25% de los sufragios obtuvo la primera minoría, y luego la nominación en el Colegio Electoral.

Llegada de Fitzgerald a las Malvinas

Juan D. Perón

Augusto T. Vandor

Mientras tanto la guerrilla amenazaba en forma incipiente; se detectaron pequeños grupos en Salta y miembros de Tacuara comenzaban
a colocar bombas en varios supermercados.
Un atentado contra el ex - presidente Frondizi no cobró víctimas.
En 1965 el ambiente político continuó complicado ante las elecciones de 1966.
Se sabe que muchos integrantes del Ejército, por entonces trabajaban en la destitución de las autoridades constitucionales y en los planes futuros.
En marzo el gobierno proscribió al Partido Justicialista, pero autorizó al peronismo a presentarse como Unión Popular, controlada por
el sindicalismo vandorista.
En las elecciones de diputados de este año, la Unión Popular, obtuvo la mayoría de votos y pasó de 8 a 52 legisladores.

En los últimos meses, Perón envió a Argentina a su esposa María Estela Martínez, con el fin de frustrar la candidatura a gobernador de Mendoza de un candidato peronista que no merecía la confianza del líder.
También, la posibilidad del envío de tropas argentinas a Santo Domingo, como consecuencia de la intervención impuesta por Estados Unidos, provocaron disturbios, razón por la cual una vez más el presidente Arturo Illia aseguraba su decisión de no intervención en la problemática de Santo Domingo.
Las Fuerzas Armadas no miraban con simpatía al gobierno de Illia, donde tenían predicamento los derrotados militares colorados,quienes se abstuvieron de hacer planteos. Poco a poco Onganía fue adquiriendo primacía.

En 1965 en una reunión de Jefes de Ejércitos americanos en West Point,
manifestó su adhesión a la llamada
"Doctrina de la Seguridad Nacional".
Según ésta las Fuerzas Armadas eran la garantía de los valores supremos de la nacionalidad y debían obrar cuando éstos se vieran amenazados, particularmente por la subversión comunista.
Pero, ante la designación de un nuevo Secretario de Guerra se produjo el retiro del general Onganía
como Comandante en Jefe.
Fue reemplazado por el general Pascual Pistarini.

La visita del Sha de Persia y del rey de Bélgica Balduino con su esposa la reina Fabiola, constituyeron los dos acontecimientos sociales más importantes del año.
Otro acontecimiento importante fue la llegada del coronel Jorge Leal al Polo Sur.