Los  partidos de Magdalena y Punta Indio se encuentran en la depresión del Río Salado, área baja e inundable, de la zona este de la provincia de Bs. As y presenta ondulaciones que varían de 5 a 10mts, surcadas por ríos y arroyos que desembocan en el Río de La Plata, definiendo con los resaltos de nivel que produce, variados tipos de comunidades vegetales y hábitats para la fauna de esta región.

Se trata de un tipo climático subhúmedo-húmedo, mesotermal y que pese a no tener deficiencias de agua no presenta bosques mesofitos dado que aquí el invierno tiene una temperatura relativamente alta (estación de consumo de agua). El climograma corresponde a una zona cálido templada siempre húmeda, con marcada variación estacional de temperatura pero con la estación fría poco o nada notable.

En las curvas de precipitaciones hay 4 máximos y 4 mínimos; los dos mínimos mas notables a fines de invierno ( agosto) y en verano (enero). Este último es el que más influye sobre la vegetación pues en este período se produce el máximo de temperatura.

La marcha de las temperaturas observadas en los climogramas es bastante uniforme. Las temperaturas extremas son las que mas influyen sobre la vegetación las máximas absolutas pueden llegar eventualmente a 45 grados centígrados coincidiendo con la falta de lluvias y fuertes vientos del cuadrante norte. En cercanías del río las heladas son pocas, debido a su influencia reguladora.

En la distribución de las precipitaciones influye la circulación general de la atmósfera; la zona destinada al Parque tiene precipitaciones anuales entre 900 y 1000mm, disminuyendo hacia el sur y oeste debidas al aporte de humedad de masas de aire provenientes del Océano Atlántico que precipitan al encontrarse con masas de aire frío provenientes del sur. En otoño e invierno, precipitaciones del orden de los 100mm mensuales hacen que los suelos no infiltren mas agua produciéndose inundaciones por acumulación en superficies.